大豆接菌发酵后的成分很多，有些成分是有益的，有些成分是有害的，有些成分是惰性的。因此，要对纳豆发酵后产物进行提取、分离、纯化，特别要将有害的成分除掉，得到纯度较高的纳豆激酶。近年来，纳豆激酶的分离纯化技术取得了长足进步，酶活性收率大大提高。
