据《中国中医古籍总目》记载，《苏沈良方》版本共三十二种，最早为明代嘉靖刊本，其后为清代乾隆、嘉庆、道光、咸丰、同治、光绪及日本宽政各本，以及《四库全书》本、《六醴斋医书》本、人民卫生出版社影印本等。

南宋目录学家晁公武《郡斋读书志》记载《苏沈良方》十五卷，另有《沈存中良方》十卷；《通志·艺文略》收录《苏沈良方》十五卷，而无《沈氏良方》；《中兴馆阁书目》分列《沈氏良方》十卷和《苏沈良方》十五卷；《宋史·艺文志》著录为：“沈括《良方》十卷。《苏沈良方》十五卷，沈括、苏轼所著。”现存《苏沈良方》或为十卷，或为八卷，或有八卷加《拾遗》两卷者。其中十卷本是由民间流传保留下来的，而八卷本系清代乾隆年间修《四库全书》时从明代《永乐大典》中辑录而来。两者虽在卷数上与历代书目记载有所出入，但流传下来的医药方括仍然是当代医学需要研究的重要内容。因此，《苏沈良方》的版本可分别为两大体系：十卷本系统和八卷本系统。

十卷本《苏沈良方》流传较广，内容也较为完整。

十卷本以明代嘉靖刻本为最早，题为《苏沈内翰良方》，二百三十五篇，现存中国中医科学院图书馆。该书卷前有《苏沈内翰良方序》，不著撰人，次为林灵素序，其后为“苏沈内翰良方总目”，腧穴图六幅，正文十卷，卷末有“黄中南校正康王庙前陆氏刊”双行木记一方，每版八行，行十六字。这个版本流传并不广，因为清乾隆时编修《四库全书》，馆臣们并未见到这个本子，以为它已经散佚不存了。清代程永培根据明代嘉靖刻本重新订正，收入《六醴斋医书》中，赋跋一篇：“余藏旧刻印本书十卷，不列存中氏原序，而载有林灵素一叙，亦止论沈，未及苏。其卷首一叙，兼及苏、沈，文颇拙蹇，不著作者姓名，盖俗笔也……今为授梓，并补刻沈氏原序一篇。”说明在明嘉靖刻本中只有林灵素和无名氏的序，而无沈括的《良方序》，现在各版本中所见标题为“原序”的沈括《良方序》是由程永培补刻上去的。但程永培在刊刻《苏沈良方》之时遗漏了明嘉靖刻本中原有的灸法腧穴图，颇为遗憾。

清乾隆五十八年癸丑（1793），安徽鲍廷博以程氏的《六醴斋医书》本为底本，根据《武英殿聚珍版丛书》本校补文字，重新订正了《苏沈内翰良方》，收入其《知不足斋丛书》第十七集中，并为之作跋，既保证了文字的完整性，又纠正了讹误之处，是现今通行较好的版本之一。清乾隆五十九年甲寅（1794）修敬堂刊刻了《六醴斋医书》单行本，该版本流传颇广，目前在故宫博物院图书馆、北京大学医学图书馆、四川省图书馆、上海图书馆、上海中医药大学图书馆等均有收藏。清道光二十六年丙午（1846），大兴施禹泉根据鲍氏《知不足斋丛书》本复刻了六醴斋刊本；清同治光绪年间，於然室根据修敬堂藏版翻刻《六醴斋医书》；清光绪十七年辛卯（1891），广州儒雅堂重刻《六醴斋医书》；清光绪二十三年（1897）有武强贺氏仿知不足斋校印本。

程氏《六醴斋医书》很好地保留了《苏沈良方》原貌，是《苏沈良方》传承有序的重要环节。随着《六醴斋医书》的不断翻刻，《苏沈良方》十卷本得到广泛流传。1956年，人民卫生出版社影印出版《六醴斋医书》本《苏沈良方》，作为医学经典著作进一步普及，影响较大。

《苏沈良方》八卷本系为辑录所成，因此与十卷本在内容和篇目顺序方面有很大差别。清乾隆中期编修《四库全书》时，馆臣们没有找到传本《苏沈良方》，认为该书已经亡佚，总纂官纪昀即命王史亭从明代《永乐大典》中辑出一百六十八篇，重新编次，厘为八卷，收入《四库全书》的子部医家类中。《四库全书》本《苏沈良方》抄写精美，校勘精良，是八卷本系统中流传较广的一个版本。清乾隆四十二年丁酉（1777），《四库全书》本《苏沈良方》以活字排印，编入《武英殿聚珍版丛书》。清嘉庆年间，南汇（今上海）人吴省兰辑刊《艺海珠尘》丛书八集，收书一百三十六种，根据殿珍本重刻《苏沈良方》八卷，收入“庚集”。清光绪十九年（1893）和光绪二十年（1894）都曾重新翻刻过《武英殿聚珍版丛书》。八卷本虽然校勘精良，但因为是从《永乐大典》中辑录出来的，难免有所疏漏，与十卷本相比，内容略显不完整，不能反映《苏沈良方》的真实面貌。

除上述十卷本和八卷本两大系统外，《苏沈良方》还有单行本、抄本、残本、海外刻本等流传。《苏沈良方》是在宋代医学多方多药、成方促用的情况下，以小型方书的形式编纂的，刊行之后，为方书、局方的盛行及方药的使用起到了一定的促进作用。另外，书中有关本草内容的记载，有很多论述可以作为研究药物学考据的资料，如药物的一名多物、一物多名，或名异而易错乱者，该书均做了精心考订。